Existen dos tipos de microscopios de fluorescencia en cuanto a sus caminos ópticos:
1. Microscopio de fluorescencia de transmisión: la fuente de luz de excitación se utiliza para excitar la fluorescencia pasando el material de la muestra a través de una lente condensadora. También se pueden usar concentradores de campo oscuro de uso común, y se pueden usar concentradores ordinarios para ajustar el reflector para redirigir y hacer lóbulos laterales de la luz de excitación sobre la muestra. Este es un microscopio de fluorescencia relativamente antiguo-. Su ventaja es una fuerte fluorescencia a bajo aumento, pero su desventaja es que su fluorescencia disminuye al aumentar el aumento. Por lo tanto, es mejor para observar materiales de muestra más grandes.
2. El microscopio de fluorescencia de luz descendente es un nuevo tipo de microscopio de fluorescencia desarrollado en los tiempos modernos. A diferencia de lo anterior, la luz de excitación cae desde la lente del objetivo hacia abajo sobre la superficie de la muestra, utilizando la misma lente del objetivo como condensador de iluminación y lente del objetivo para recolectar la fluorescencia. Es necesario agregar un divisor de haz de dos colores al camino óptico, que está a 45 grados de distancia del uranio ligero. En ángulo, la luz de excitación se refleja en la lente del objetivo y se enfoca en la muestra. La fluorescencia generada por la muestra, así como la luz de excitación reflejada desde la superficie de la lente del objetivo y el cubreobjetos, ingresan a la lente del objetivo y regresan al divisor de haz de doble color, separando la luz de excitación y la fluorescencia. La luz de excitación residual es absorbida entonces por el filtro de bloqueo. Si se utilizan diferentes combinaciones de filtros de excitación/separadores de haz de color dual/filtros de bloqueo, pueden satisfacer las necesidades de diferentes productos de reacción fluorescentes. Las ventajas de este microscopio de fluorescencia son una iluminación de campo uniforme, imágenes claras y una fluorescencia más intensa con mayor aumento.
